Am Frobenius-Gymnasium beginnen alle Schülerinnen und Schüler der 5. Klasse mit Englisch als erster Fremdsprache.

Die Wahl der zweiten Fremdsprache wird im Verlauf der 5. Klasse getroffen. Dafür stehen die Sprachen Latein und Französisch zur Auswahl. Am Frobenius-Gymnasium entscheidet man sich mit Französisch als zweiter Fremdsprache bereits für  den naturwissenschaftlich-technologischen Zweig. Wählt man Latein als 2. Fremdsprache, steht einem die Wahl der Ausbildungsrichtung bis zum Halbjahr der 7. Jahrgangsstufe  frei.

Der naturwissenschaftlich-technologische Zweig vertieft die Fächer Chemie und  Informatik in den Klassen 9 und 10. Im sprachlichen Bereich bietet das Frobenius-Gymnasium als dritte Fremdsprache Französisch an. Weiterhin beginnt die Chemie ein Jahr später, während Informatik erst in der 11. Jahrgangsstufe hinzukommt.

Für die Schülerinnen und Schüler beider Ausbildungsrichtungen besteht die Möglichkeit, die jeweilige zweite Fremdsprache mit Ablauf der 10.Klasse abzulegen. Anstelle dieser wird in den Jahrgangsstufen 11 bis 13 Spanisch als spät beginnende Fremdsprache belegt.